De ministeries van Infrastructuur en Milieu en van Economische Zaken, Landbouw en Innovatie zijn samen verantwoordelijk voor de uitvoering en de planning van het MJPO. Om de vier jaar wordt het MJPO geëvalueerd en waar noodzakelijk, geactualiseerd. De jaarlijkse planning en verantwoording zal in de begroting van het ministerie van Infrastructuur en Milieu worden meegenomen. Het budget voor ontsnippering van de Robuuste Verbindingen is onderdeel van de begroting van het ministerie van Economische Zaken, Landbouw en Innovatie.

Uitvoering van het MJPO
Voor de uitvoering van het MJPO is de volgende organisatiestructuur opgezet:

*Afstemmingsoverleg: bedoeld voor de landelijke afstemming tussen MJPO-betrokkenen bij provincies, de ministeries van Infrastructuur en Milieu en van Economische Zaken, Landbouw en Innovatie, ProRail en DLG (Dienst Landelijk Gebied). 

  • Coördinatiepunt MJPO: voor ondersteuning en coördinatie van een integrale aanpak bij de uitvoering van het MJPO. 
  • Werkgroepen: vier werkgroepen (1 Programmering en Uitvoering, 2 Jaarverslag en Evaluatie, 3 Kennis en Kwaliteit en 4 Communicatie) waarin alle partners vertegenwoordigd zijn, bereiden agendapunten voor, ter vaststelling in het Afstemmingsoverleg. 
  • Provinciaal Platform: bedoeld voor gezamenlijke afstemming van mogelijke oplossingen bij geïdentificeerde knelpunten, daaraan
    gerelateerde maatregelen en de financiering door alle betrokken instanties. In elke provincie is er een platform. 
  • Provincies: voeren de regie over de uitvoering van het programma, zorgen voor (plan)ontwikkeling, grondaankoop, inrichting en overdracht van natuur(ontwikkelings)gebieden. Initiëren afstemming van gezamenlijke aanpak in het Provinciaal Platform. 
  • Het ministerie van Infrastructuur en Milieu en/ of ProRail: zorgen als beheerder voor de realisatie van de concrete maatregelen in en rondom de infrastructuur. 
  • Dienst Landelijk Gebied (DLG) heeft jarenlange ervaring met integrale gebiedsprojecten. Vaak hangt de uitvoering van MJPO-knelpunten samen met andere maatregelen in het gebied. DLG brengt gebiedspartijen bij elkaar en zorgt dat er afspraken komen over maatregelen en geld.