ProRail werkt de komende jaren hard mee aan het opheffen van bestaande knelpunten tussen natuur en infrastructuur. Dit gebeurt binnen het landelijke Meerjarenprogramma Ontsnippering (MJPO). Kort gezegd willen we ervoor zorgen dat het spoor geen belemmering meer vormt voor het leefgebied van dieren. Het ministerie van Verkeer en Waterstaat stelt aan ProRail budget beschikbaar om de knelpunten aan te pakken. De maatregelen variëren van het realiseren van ecoducten en dassentunnels tot het plaatsen of weghalen van hekwerken. In totaal gaat het om 79 knelpunten rondom spoorwegen.

2008 ProRail start in 2008 met het bouwen van in totaal 79 faunabuizen en ecoducten, ook wel natuurbruggen genoemd. De ecoducten zijn bestemd voor de grote dieren, zoals het edelhert. De faunabuizen zijn geschikt voor kleinere dieren, zoals de das. Ook komen er ook natte passages, voor het herstel van de flora en fauna in en rond het water.

Nieuwe barrières Een ander aandachtpunt is het voorkomen van nieuwe barrières. Dit kan door bij de aanleg van nieuwe infrastructuur goed te kijken naar de landschappelijke inpassing. Ook bij het plaatsen van hekken en geluidsschermen in het buitengebied is waakzaamheid geboden. Daarnaast moet bij het vervangen van duikers en bruggen rekening worden gehouden met het behoud van een eventuele functie voor natuur.

Meerjarenprogramma ontsnippering ProRail heeft meegedaan aan studies om knelpunten in kaart te brengen en oplossingsrichtingen te zoeken. Na de vaststelling van het MJPO is ProRail gestart met het oplossen van de spoorknelpunten. Op een aantal plaatsen worden ecoducten aangelegd, zoals de Utrechtse Heuvelrug. Een voorbeeld daarvan is het ecoduct Zwaluwenberg over de A27 en het spoor Utrecht-Hilversum. Ook komt er een ecoduct bij Den Dolder, waarmee weer een paar belangrijke knelpunten worden opgelost.